ZGOS d.o.o. je utemeljen 18. studenog 1998. godine s osnovnom zadaćom za vođenje pogona i sanacije zagrebačkog komunalnog odlagališta otpada Prudinec/Jakuševec.

3.7.2006. ZGOS d.o.o. statusnom promjenom postaje Podružnica ZGOS u sastavu Gradskog komunalnog gospodarstva d.o.o.

1.10.2021. Podružnica ZGOS pripojena je Podružnici Čistoća unutar trgovačkog društva Zagrebački holding d.o.o.